在现代化的计算机网络体系下，连锁药店管理软件要求强化统一配送职能，以便对各连锁药店的药品品种与数量了如指掌，并及时调剂、补充货源，连锁药店管理软件的应用和更新，不仅使得企业通过认证要求，使得连锁药店更加统一化、标准化、实现利益共享。

　　(一)思想认识不统一、不全面不统一、不全面

　　本来，连锁经营的连锁方追求的是规模效益，而被连锁方追求的是无本效益;连锁方领先被连锁方的网络、场地、门面、人力等以延伸市场，被连锁方依靠连锁方输送商品、管理方式、经营理念等抗击风波。双方原本是相互合作、相互依靠、互惠互利、缺一不可的，但在实际发展过程中，连锁方往往将自己看作主体，主宰着被连锁方，总认为被连锁方赢得的利润是自己"施舍"的。

　　兼有直属门市、与其他单位或个人合作的连锁药店的药品零售企业往往只把直属门市看作自己的"孩子"，把与其他单位或个人合作的连锁药店当作"收养的"，总是把紧销药品、先进设备、管理方式输送给自己的直属门市，致使连锁药店成了旁系，成了"后妈生的"。这样就造成连锁药店与直属门市之间的不公平竞争，进而导致连锁药店的激情逐渐减退。在这种片面认识的影响下，连锁药店很难得到发展，连锁经营的形式很难真正得到推广。

　　对策：连锁经营，是药品零售企业在商品微利时代到来的必然选择。药店进行连锁经营一起步就应规范化运作，强调"六统一"，走集约化经营。连锁双方应明白，不管是何种形式的连锁(直营、加盟、特许等)，都是为打破行业、部门、地区及所有制界限，提高连锁的规模和规范化水平，取得规模效益，最终实现"双赢"的目的。因此，药店的连锁方与被连锁方是在平等基础上的合作关系，不分谁主谁副，不是主宰与被主宰的关系。

　　(二)人才奇缺且分布不均

　　药品实行分类管理以后，药品零售企业对从业人员专业技术水平的要求提高，因此有的药品零售企业为通过GSP达标，争取进入分类管理试点单位，成为定点药房，将大部分专业技术、经营管理人才统统抽调到规模较大的重点门市，致使小门市、"旁系"的连锁药店的专业技术和经营管理人才奇缺。个别连锁药店虽然有管理人员，但一个管理人员分别管辖七八个连锁分店，占线从城市拉到农村，仅送货、退货就忙得不亦乐乎，根本就顾不上管理与指导。

　　执业药师更是奇缺。如某市药业集团公司(批零兼营)有10个直属门市，15个连锁药店，可执业药师仅1人，药师3人，药士也不足10人。

　　对策：为解决药品管理方面人才奇缺问题，培训药品连锁经营各层次人才尤其是高级管理人才是当务之急。连锁总部可通过内部训练、委托医药大学培养、外派参观考察等多种方式培养人才。连锁总部对人才在各分店的分布也应根据实际情况力求均匀，在重视大药店的同时要兼顾到小药店的发展。 对于执业药师的短缺问题，药业公司可通过内部培训和招聘方式解决。公司可鼓励本单位内部有一定学历和技术的年轻人参加执业药师资格考试，并对其提供一定的学习条件如，留有一定的复习时间，报销报名费、学费等。对于考上执业药师的人员，公司要从待遇上体现出来。

　　(三)法律、合同、契约意识淡薄

　　由于目前还没有有关连锁经营(如专利法)的法律出台，部分连锁药店法律意识淡薄，漠视合同与契约，所以连锁方许多"专利"公开推广后得不到保护。如有些被连锁方在接受连锁方培训、指导甚至在连锁方为自己办好一切证照使自己步入正规后突然翻脸，以种种理由过河拆桥，挣脱连锁束缚，另起炉灶。殊不知，这会给自己造成很大的损失。被连锁方自立门户，势必造成经营成本、管理费用、商品进价的增加，导致被连锁方整体利益流失。

　　有的连锁药店虽未另起炉灶，但有名无实，打着连锁总店的招牌自组货源、自定价格、自行销售，致使连锁药店该"统一"的没统一，该标准化的没标准化，名连而实不连，连而不锁，从而失去连锁的意义。

　　对策：由于我国还未出台连锁协议方面的立法，连锁方与被连锁方应通过合同与契约等有关规章制度来互相约束，以增强连锁双方之间的协作、竞争、法律意识，并明确双方的权利与义务，利益与风险。在此基础上，管理人员应强化对各连锁药店的监督功能，对违纪、违规、违反合同的行为及时查处;在药品上贴上条形码或其他防伪标志，以杜绝私货及由投诉而引起的不必要的纠纷。 若协议签得不规范，一方不遵守规章制度，就很难保证连锁双方的利益。因此，增强连锁药店经营立法迫在眉睫，这是约束和规范药店连锁经营最有效的手段。

　　(四)基础设施差、规模小

　　目前由于我国总体经济发展水平不高，连锁方与被连锁方几乎没有计算机网络，靠电话或车辆传递信息，这使得很多药店之间的连锁仅仅是形式与表象，致使连锁方无法进行整体布局与宏观调控，无法针对性地管理。个别连锁方为谋求规模效益只图连锁数量不重视质量，将营业员素质、基础设施差的药店也拉入自己的麾下，以致影响和制约了连锁总店的发展与整体素质的提高。有部分连锁药店数量不足，各项成本费用与利润还达不到盈亏平衡点，根本谈不上规模效益。

　　对策：自动化程度的高低是决定药店连锁是否成功的一个重要标志。为实现计算机联网、全面实施条形码制度，连锁药店应争取政府贷款或吸引资金雄厚的经济实体或个人投资、加盟、入股等方式增加硬件设施建设，迅速扩大规模，使之向着规范化、标准化发展，这样有利于解决连锁经营发展过程中及今后遇到的一系列困难与矛盾。

　　(五)配送中心功能不健全

　　不少连锁药店没有建立物流配送中心与计算机信息管理系统，因此不能及时知晓各门市缺货品种与数量，也就不能及时补充货源与调剂商品，更无法合理进货。有的连锁药店虽有配送中心，但配送中心仅起一个送货的作用，并不能起到养护商品、退换货、调剂商品、处理过期商品、失效商品的作用、为解决连锁经营在发展过程中遇到的一系列矛盾和问题，并为入世做好准备。

　　对策：连锁经营是商流、物流、信息流的综合管理过程。只有通过现代化的计算机网络体系建立畅通的信息管理系统，并在被连锁方的密切配合下才能为经营决策及时提供可靠的依据。信息管理包括对商品品种、数量的搜集管理、上报，对同行业价格行情的搜集，对拥护反馈信息的整理，对各连锁药店经营情况等一系列信息的收集、分析、传递、使用，并进行反馈等。